옛날 옛적 바다 밑, 페퍼랜드(Pepperland)라는 평화로운 마을에 이나라 최고 인기 밴드인 서전트 페퍼스 론리 하츠 클럽 밴드(Sgt. Pepper's Lonely Hearts Club Band)가 음악이라면 질색인 블루 미니스(Blue Meanies)가 이끄는 군대로 부터 미사일 공격을 받는다. 그들은 이세상에서 음악과 사랑과 행복을 영원히 말소시키기 위해 평화로운 마을에 침공한 것. 위기를 맞은 페퍼랜드 국민들은 구원을 청하는 노란 잠수함을 타고 비틀즈를 찾게 되고 사정을 들은 비틀즈는 온갖 모험과 기지로 마을의 평화를 되찾는다.