공각기동대 그 후로 3년

정부 직속기관 공안 9과의 형사 버트는 대부분의 신체를 기계화 한 사이보그. 그가 인간이라는 증거는 뇌의 일부분과 3년 전 자신의 파트너였으나 실종된 쿠사나기에 대한 기억 뿐이다. 버트는 최근에 파트너가 된 토그사와 함께 각종 사이버 테러와 통제를 벗어난 로봇에 대한 사건을 수사하고 있다. 어느 날 섹스 전용으로 프로그래밍 된 로봇이 갑자기 이상을 일으키며 인간들을 살해하는 사건이 발생한다. 자살을 선택한 안드로이드, 로봇에 더 가까워진 여성, 스스로 육체를 버리고 네트에 융합해 인간을 초월했다고 자만하는 남자... 이들을 통해 버트는 사건의 진실에 점점 다가간다.