태평양전쟁 종전 후 일본에 진주한 총사령부가 가장 먼저 내린 명령은 '닌자' 조직의 해체였다. 그로 인해 모든 닌자는 사라진 것처럼 보였지만, 그들은 전 세계의 모든 기관에 잠복하여 현대에도 암약하고 있었다. 그 수는 약 20만 명으로 알려져 있다. 닌자 조직 'NIN'에 소속된 말단 닌자 운인쿠로(시모닌). 한가롭게 지내던 그는 어느 날 중대한 '닌무'를 부여받게 된다. 그것은 전후 70년 이상 지하에 잠복해 있는 한 조직의 움직임을 조사하는 것이었다. 그 이름은 '언더 닌자'. 닌술, 지략, 그리고 최신 기술. 이 모든 것을 활용한 전대미문의 전투가 지금 시작된다...!