파인우드로 전학 온 두 고아 남매 토니(Tony: 이케 아이젠만 분)와 티아(Tia: 킴 리차드 분)는 자신들이 초능력을 지니고 음을 알게 된 막강한 재력가 볼트(Aristotle Bolt: 레이 밀란드 분)에 의해 그의 별장에 감금된다. 위험에 빠진 두 아이들은 초능력을 사용하여 볼트의 손아귀에서 벗어나 도망치던 중 마법의 산이라 불리는 다곳에 자신들과 비슷한 능력을 지닌 사람들이 있다는 이야기를 듣고 산으로 향한다. 그곳에서 토니와 티아는 삼촌 베네(Uncle Bene: 덴버 파일 분)를 만나 자신들의 출생의 비밀을 알게 된다. 결국 쫓아오는 볼트의 비행선을 타고 마법의 산으로 들어간다.