인류의 미래가 걸린 거대한 전쟁이 시작된다

21년 전 실종된 천재 프로그래머 케빈 플린의 아들 샘은 이제 아버지가 설립한 엔콤(ENCOM)사의 대주주다. 아버지의 철학을 배신하고 수익만 좇는 엔콤을 거액 기부와 해킹으로 골탕먹이는 일이 그의 낙이다. 그러던 어느 날 아버지의 신호로 추정되는 호출이 날아오고 샘은 80년대 아케이드 게임기를 통해 사이버 스페이스로 빨려들어간다. 그리고 그곳에서 실종된 아버지가 본인이 만든 프로그램 클루의 손에 축출, 유폐됐다는 사실을 발견한다. 샘은 디지털 세상에 감금된 아버지를 찾아 생사를 초월한 사이버 세계로의 여행을 시작하는데...