모든 대결에는 이유가 있다

슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어 버린다. 검증되지 않은 신과 같은 능력을 지닌 슈퍼맨의 등장에 사람들은 두려움에 빠지게 된다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 한다. 배트맨과 슈퍼맨이 격돌하는 사이 인류를 위협할 새로운 위기가 빠르게 부상하기 시작하는데...