미국 망명을 요청한 동구권 축소과학의 귀재 베니쉬 박사가 테러범의 공격을 받고 뇌사상태에 빠진다. 미국 정부는 특수부대를 동원하여 잠수함을 미생물 크기로 축소시켜 베니쉬의 혈관에 투입, 뇌의 응혈을 제거하는 프로젝트를 긴급히 마련한다. 그러나 미국의 현재의 기술로는 축소는 한시간에 국한될 뿐, 시간을 연장시킬 수 있는 열쇠는 베니쉬 박사가 갖고 있었던 것. 특수요원 그랜트, 함장 오웬스, 뇌수술의 1인자 듀발 박사, 그의 아름다운 조수 콜라 등은 죽음을 무릅쓰고 인체내로 투입되어 임무를 수행하지만 예상치 않은 죽음의 복병들이 그들을 가로막고 시간을 지체하게 만드는데...