유명 소설가 에드거 브로디는 비밀 검찰국장으로부터 스위스의 스파이 임무를 위탁받고, ‘아셴덴’이라는 가명과 지시를 받아 제네바로 떠난다. 그의 임무는 한 정체불명의 독일 스파이가 연합군 작전에 치명적인 지시를 못 받도록 막는 일이다. 아셴덴은 살인과 첩보 기술에 정통한 킬러이자 조수인 ‘장군’과 함께 일련의 살인과 음모에 개입된다. 스위스에서 그는, 또다른 동료인, 엘사라는 여인을 만나게 되고... 실수로 무고한 여행객을 죽인 뒤 죄책감을 느끼고 돌아가려고도 하지만, 장군의 보조로 초콜릿 공장에 주둔한 스파이 본부까지 추적하게 된다. 마지막에, 터키로 향한 기차 안에서 실제 스파이 ‘마빈’은 기차 폭발로 죽고, 장군도 적의 총에 맞아 죽는다. 살아남은 엘사와 브로디는 임무를 완벽히 수행하고, 스파이 일을 하지 않겠다는 편지를 국장에게 보낸다.