대구근교 경찰서 형사계에 아침 일찌기 살인 사건을 알려온다. 사건현장인 기도원 부근에서 피살된 민요섭의 시체가 발견되고 남경호 담당경사는 요섭의 친구 황전도사로부터 실마리를 풀기 시작한다. 남경사는 요섭이 8년간 침묵하는 신에 대한 회의와 여신도와의 간음사건으로 학교와 교회를 떠났음을 알게 된다. 요섭이 남긴 노트에서 요섭을 끝까지 추종했던 조동팔이라는 사내를 찾아 나선다. 동팔의 아버지와 창녀 향순을 만나 전통적인 기독교의 신을 부정하고 자기들만의 합리적인 새로운 신을 모색하려 했던 과거를 알게 된다. 한편 동팔은 사망한 김동욱의 이름을 빌려 범죄를 저지르고 결혼까지 했던 과거가 드러난다. 유물론적인 방황 끝에 요섭은 여호와에게로 돌아온다. 그러나 이에 배신과 분노를 느낀 동팔에게 살해당하고 만다. 동팔 또한 자기를 추적해온 남경사 앞에서 자기의 죽음은 패배가 아니라며 음독 자살을 한다.