「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.