어드미럴티 코드가 인류를 없애라고 명령을 내렸다! 인류를 구할 구원자는 과연 누구인가..

안개함대의 총기함인 초전함 야마토와 자매함선이자 부총기함인 초전함 무사시. 어느 날, 무사시가 야마토를 격침시킨 후 홀로 어드미럴티 코드의 대변자임을 표명하고 I-401의 함장 군조의 아버지인 치하야 쇼죠를 앞세워 인류에게 무조건 항복을 권고한다. 군조는 아버지가 인류를 배신한 것에 동요하지만 이오나의 격려에 총기함 무사시와의 접촉을 시도하기로 이동하는데 안개학생회의 강력한 공격을 받는다. I-401는 간신히 적들을 무찌르지만 교전 중 입은 손상으로 이오나는 자가 회복 불능한 손상을 입게 되는데..