공해로 인해 일본 각지가 썩어가고 있던 1970년대, 우주에서 날아온 작은 생명체가 일본 연안의 공해물질과 융합해 성장하기 시작한다. 커져가던 생명체는 이윽고 사상 최악의 공해괴수 ‘헤도라’가 되어 각지를 유린한다. 헤도라가 지나가기만 해도 순식간에 백골이 되는 사람들. 모든 생명이 사라질 위기에 처하자 드디어 고지라가 일어선다. 하지만 헤도라의 능력은 고지라 마저 압도하는데…