20세기 마지막. 그날 인류는 지구라는 행성의 지배자가 자신들만이 아니라는 사실을 알았다... 거대생물 [괴수]수ㅡ 출현과 그 괴수를 구축하는 궁극의 존재 [고질라]. 반세기에 걸친 괴수와의 전쟁끝에 인류는 패배를 거듭하고 마침내 지구탈출을 계획한다. 그리고 2048년 중앙정부 관리하 인공지능에 의해 선별받은 인간만이 항성 간 이민선 아라트램호를 타고 11.9광년 너머에 있는 고래자리 타우성E를 목표로 떠난다. 그러나 20년에 걸쳐 도착한 타우성E와 지구의 환경조건차이는 전망치를 훨씬 웃돌아, 인류가 생존가능한 환경이라 부를 만한 곳이 아니었다. 이민선을 탄 한명의 청년 하루오. 4살때 눈앞에서 고질라에게 부모가 살해당하고 20년 동안 지구로 돌아가 고질라를 쓰러뜨리는 것만을 계속 생각했다. 이민 가능성이 닫힌 생존환경도 열학한 배 안에서 하루오를 중심으로 한 지구귀환파가 주류가 되어 위험한 장거리 아공간 항행을 결정하고 지구를 목표로 한다. 하지만 귀환한 지구는 이미 2만년의 세월이 지나 지상은 고질라를 정점으로 한 생태계에 의한 미지의 세계였다. 과연 인류는 지구를 되찾을 수 있을까? 그리고 하루오의 운명은?