세기의 전쟁 10년 후 지구에 닥친 최대 위기! 인류를 구하기 위한 최후의 출격이 시작된다!

마징가Z가 악의 과학자 닥터 헬(Dr. Hell)과 그가 이끄는 지하제국의 세계정복의 야망으로부터 지구를 구한 뒤 10년이 지난 뒤, 코지는 자신의 할아버지(카부토 쥬조), 아버지(카부토 켄조)의 뒤를 이어 과학자의 길을 걷고 있다. 이런 가운데 코지는 후지산 인근 지하에서 정체불명의 초거대 유적 '인피니티'와 그로부터 나온 수수께끼의 생명체 '리사'와 조우하고 이와 때를 같이해 닥터 헬과 그가 이끄는 기계수(機械獸)들이 다시 모습을 드러낸다. 코지는 마징가Z와 함께 또 다시 지구를 구하기 위한 싸움에 나선다.