오래전 일본, ‘이가닌자’라고 불리던 닌자들은 어느 날 하늘을 가로지르는 불덩어리를 보게 된다. 그건 다름 아닌 외계인. 잔혹한 외계인들은 이가닌자를 닥치는 대로 죽이고 잡아먹는다. 겨우 살아남은 야타마와 다른 닌자들은 동료의 원수를 갚겠다며, 외계인의 뒤를 쫓지만 그들의 무기는 외계인들에게 아무 소용이 없고 결국 닌자들은 숨겨놓았던 비장의 무기를 꺼내는데...