지구의 미래를 위해 야마토가 출격한다!

기원 2199년, 지구는 수수께끼의 이성인 「가밀라스」의 공격으로 멸망의 위기에 처해 있었다. 가밀라스의 폭탄 공격으로 바다는 메말랐고, 지구상의 생물의 대부분은 사멸했다. 남겨진 소수의 인류는 지하도시를 건설해 가밀라스의 공격을 견디고 있지만, 지하에까지 침투해 온 방사능에 의해 인류 멸망까지 앞으로 1년 여가 남은 상황.