시공을 초월해 우정으로 뭉친 전설의 듀얼리스트 세계를 구하기 위한 최고의 3D 대결이 시작된다!

미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유성의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 시공을 초월해 듀얼리스트들과 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해, 그리고 빼앗긴 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 시공을 초월해 주다이를 만난 유성은 역사를 뒤바꾸려고 하는 패러독스의 음모를 알게 되고, 전설의 듀얼리스트 ‘유희’의 시대로까지 거슬러간 그를 쫓아간다. 마침내 유희의 시대에 함께 모인 유성과 주다이는 세계를 구하기 위해서, 그리고 유성의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 함께 힘을 모아 패러독스와의 최강의 듀얼을 시작하는데…