초등학생 코난이 아닌, 본래의 모습으로 교토 수학여행에 참가하게 된 고등학생 탐정 쿠도 신이치. 평범한 고등학생처럼 모리 란과 행복한 시간을 보내는 것도 잠시, 우연히 만난 배우 구라치 케이코의 부탁으로 의문의 암호 해독을 부탁받는다. 하지만 곧이어 그녀의 영화 제작 동료들을 둘러싼 연쇄 살인 사건이 일어난다. 범죄의 현장에는 요괴의 행적처럼 꾸며진 피 묻은 발자국과 팔손이 나뭇잎, 그리고 새로운 암호가 남겨져 있었는데… 천년 역사의 도시 교토, 요괴의 소행 같은 기묘한 연쇄 살인 사건의 진실은?! 그리고 쿠도 신이치♥모리 란, 두 사람의 마음은 맞닿을 수 있을까?