1998년 미확인 혜성이 지구와의 충돌 궤도에 들어선다. 충돌시 지구를 완전히 파괴할 위력을 지닌 혜성이다. 이에 위기를 느낀 지구는 충돌까지 남은 몇 개월 동안 모든 과학적 지식을 통해 이를 막으려 한다. 퇴역한 조종사 키니(로버트 듀발)는 메시아라는 우주선의 지휘를 명령받는다. 다국적 우주선의 임무는 지구를 향해 다가오고 있는 혜성 울프-베이더만을 파괴하거나 궤도 수정을 유도하는 것. 한편 미합중국 대통령은 전 세계 언론에 혜성 충돌시를 대비한 지하 요새 건설 계획을 발표한다. 지하 요새에는 지구상의 모든 생물체의 샘플과 20만 명의 각계 전문가들, 컴퓨터가 추첨한 50세 미만의 80만 명의 미국 시민들이 2년간 수용된다고 하는데...