알렉스 라이더(알렉스 페티퍼 분)는 정체를 알 수 없는 삼촌과 함께 사는 평범한 10대 소년이다. 삼촌(이완 맥그리거 분)이 의문의 죽음을 당하게 되자 알렉스는 삼촌이 스파이였고 세계 최악의 암살자 아센 그레고로비치(데이만 루이스 분)에게 살해되었다는 걸 알게 된다. MI6의 특별요원 미스터 블런트(빌 나이 분)를 마나게 된 알렉스는 삼촌이 평소 자신에게 시킨 외국어, 스쿠버다이빙, 등반, 사격 등의 취미생활이 사실은 스파이가 되기 위한 철저한 준비 과정이었음을 알게 되고 스파이로 변신한다. 억만장자 대리우스 셰일(미키 루크 분)은 영국의 모든 학교에 무료로 최첨단 컴퓨터 스톰브레이커를 기증할 것을 제안하자 이를 조사하기 위해 알렉스가 투입된다.수상한 컨테이너들으 운반되는 것을 보게 된 알렉스. 컴퓨터에 담긴 치명적인 비밀을 알게 되지만 알렉스의 정체는 곧 밝혀진다. 억만장자 셰일의 추악한 음모와 삼촌의 죽음에 대한 비밀을 밝혀내기 위해 알렉스는 위험 속으로 뛰어드는데...