거대한 싸움 앞에 선과 악은 사라지고 오직 임무만이 남았다! 쿠사나기는 과연 임무를 완수할 수 있을 것인가?

501부대에서 독립하고 자신의 부대를 만들기로 결심한 쿠사나기 모토코. 공안 수장 아라마키의 요청을 받고 해킹 당한 구식 전차 로봇 로지코마를 연구소로 이송하는 임무를 맡는데, 이송 중 갑작스레 무장 집단의 습격을 받는다. ‘잠들지 않는 눈’ 바트를 포함한 이들 무장 세력은 바로 전범으로 법정에 서 있는 78부대의 예전 상관 소가 카즈야 대령의 억울함을 증명하기 위해 로지코마를 파괴하려 한 것이다. 쿠사나기는 미군정보부 정보요원 비비와 함께 육군경찰인 버즈, 해병대 에이스 스나이퍼 사이토를 스카우트, 반격에 나서지만 예상치 못한 진실에 맞서게 되는데…