스스로의 존재를 찾기 위한, 세계를 구하기 위한 거대 조직과의 전투.

인공지능 로봇을 신체에 접목해 삶을 연장시키는 사이버 기술이 발달하며 인간과 로봇의 경계가 무너진 가까운 미래, 강력 범죄와 테러 사건을 담당하는 엘리트 특수부대 섹션9. 인간과 인공지능이 결합해 탄생한 특수요원이자 섹션9을 이끄는 메이저(스칼렛 요한슨)는 세계를 위협하는 음모를 지닌 범죄 테러 조직을 저지하라는 임무를 받는다. 첨단 사이버 기술을 보유한 한카 로보틱스를 파괴하려는 범죄 테러 조직을 막기 위해 엘리트 특수부대 섹션9이 나서기 시작하고, 사건을 깊이 파고들수록 메이저는 자신의 과거와 존재에 대한 의문을 갖게 되는데...