또 다시 고담을 뒤덮는 검은 음모

인간의 뇌파를 마음대로 조정하는 기계를 발명한 니그마(짐 캐리)가 기계의 실용화 자금을 요구하나 웨인 그룹의 회장 부르스 웨인(발 킬머)으로부터 거절당한다. 앙심을 품은 니그마는 회사 상사를 살해한 뒤 자살로 위장한다. 그러던 중 서커스장에 나타나 배트맨이 누군지 밝히지 않으면 시한폭탄을 터트린다며 위협하는 하비(토미 리 존스)를 보고 하비를 찾아가 배트맨을 잡아줄테니 대신 자신이 발명한 기계를 실용화시킬 자금을 마련하기 위해 같이 도둑질을 해달라고 한다. 한편 어렸을 때 양친의 살해 장면을 목격한 부르스 웨인은 성인이 된 지금도 그 기억들로 고통을 받자 머리디언 박사(니콜 키드먼)를 찾아가 상담을 받는데...